法国各大学的最佳排名是巴黎第六（Pierre et Marie-Curie）大学，名列第37，1年内晋升5名，巴黎南奥赛（Paris-Sud-Orsay）大学则排名第39，里昂（Lyon）高等师范学校跻身71强，斯特拉斯堡（Strasbourg）大学排名第97。
斯特拉斯堡大学研究员霍夫曼（Jules Hoffmann）2011年获颁诺贝尔医学奖，2012年上海交大的排行榜却忽略这个因素，经法国高等教育部抗议，排名有所调整。里昂高等师范学校也因为数学家维拉尼（Cedric Villani）2010年荣获费尔兹奖（Fields）而进百强。
法国高等教育部长菲欧哈索（Genevieve Fioraso）批评上海交大排名侧重科研成果和学术表现，而不考虑教学质量。菲欧哈索说，在欧洲，尤其是法国，1所大学的系统不同于盎格鲁撒克逊体系，以致法国研究机构发表的论文不包括在这个排名内，但法国国家科学研究中心（CNRS）发表的论文数是世界第一。
法国高教界也不满意，认为上海交大公布的排名忽略人文和社会科学科系的表现，即使法国排名最前的巴黎第六大学校长尚巴兹（Jean Chambaz）也不以为然表示，「并未呈现我们研究人员的才华和教学质量」。
学生的批判更严厉。全国学生联合会会长（UNEF）泽穆尔（Emmanuel Zemmour）表示，这些排名只证明校际之间的加剧竞争而不是合作，但只有合作，才能推广法国非选择性和免费的教学体系。
