台湾总统马英九之前表态有兴趣加入泛太伙伴协定，但由于中国表明拥有台湾的主权，因此台湾加入国际协定较为复杂。
美国在台协会主席薄瑞光说，华盛顿反对政治原因将台湾排除在这个协定之外。
薄瑞光在华盛顿的卡内基国际和平基金会的会议上说：“对美国来说，从政治观点上看是好的。但是，是否所有各方都认为台湾加入泛太协定是一件好事呢？”
马英九设立的目标是在十年内加入这个协定。马英九说，台湾必须先在岛内设立一个自由贸易区。台湾也和美国就牛肉问题有着长期的争议，台湾因为卫生担忧，而禁止美牛进口。
薄瑞光说：“马英九非常坦白地承认，台湾有非常严重的保护主义习惯，在贸易中保护主义，这很难放弃。”
