此前媒体还曾爆出杨琨落马祸起赌博，并且还与知名房地产开发商有关。消息称蓝色港湾的开发商王耀辉与杨琨有着共同的爱好——赌博。王耀辉常安排杨琨去澳门进行赌博，王提供赌资。据称，王耀辉在澳门豪赌，欠下大笔赌债。其还赌债的种种运作，引起注意，杨琨案被调查亦与此有关。
2012年5月，由于遭到内部举报，时任农行副行长的杨琨被有关部门带走协助调查，并被有关部门实施边境控制。随后，同年7月，农行发布公告称，杨琨由于个人情况不能履职，辞去农业银行执行董事、副行长及董事会相关专门委员会委员的职务。
公开资料显示，杨琨2004年3月起出任农行副行长，已效力农行近30年。在此之前，他曾担任农行人事教育部副主任、代理业务部副总经理、市场开发部总经理、安徽省分行行长、农行行长助理等职，曾是农业银行“三长”(董事长、行长、监事长)的热门人选。
