方舟子起诉崔永元侵害名誉权的民事起诉状中写道，2013年9月崔永元发微博信息：“#转基因食品，你吃吗#你可以选择吃，我可以选择不吃。你可以说你懂‘科学'，我有理由有权利质疑你懂的‘科学'到底科学不科学。你可以说我白痴，我也可以说你白吃”。之后，原告发微博：“你当然可以选择不吃，但是不要传谣阻碍中国农业技术发展。我科普的是各国际权威科学机构认可的科学，你根本不懂，有何资格质疑？”双方进行了争论，原告指出被告许多言论没有事实依据。再后，被告转各种各样的涉及原告的谣言，对原告进行人身攻击；被告还发表了数十条对原告的侮辱、诽谤微博。
“经初步整理，发现被告崔永元自2013年11月15日起先后发表了数十篇微博信息攻击原告，其中有‘我不认为这些钱都是肘子嗑普骗来的，肯定还有其它的骗法’、‘以肘子为头目的网络流氓暴力集团’、‘肘子最脏，坑蒙拐骗都干过，可它是三无人员脸皮又奇厚’、‘肘子一边300万美元在美国买豪宅一边在网上哭诉安保基金不够用了’、‘骗子’、‘流氓’等大量明显侮辱、诽谤原告的内容。”
方舟子的起诉状中写道，崔永元发表的涉案微博，要么是没有事实依据的、肆无忌惮的恶意诽谤，要么是恶毒的公然侮辱，使原告名誉受到严重损害，明显已违反相关法律规定、侵害了原告的名誉权。
在原告公开表示要对被告提起诉讼后，被告崔永元非但不收敛其不法言论，反而继续肆无忌惮地恶毒侮辱、诽谤，故足见其恶意。
原告方舟子认为，崔永元之行为已构成对原告名誉权之侵害；其主观恶意、过错明显；通过网络传播侮辱诽谤信息，侵权、违法性质极其恶劣，影响极坏。
去年9月，在一场转基因玉米试吃活动中，科普作家方舟子说了这样一句话："品尝转基因玉米虽无科学研究价值，但有科普价值，应当创造条件让国人可以天天吃转基因食品。"
几个月来，方舟子和崔永元的嘴仗是不断升级，如今，即将蔓延成一个法律问题。方舟子日前在微博里表示，崔永元对自己造谣、诽谤，将追究其法律责任。崔永元也不退步，回应称“肘子’终于决定告上法院了，太好了！就等这一天呢！咱们法院见！”。
