据报道，从属于“匿名者”黑客协会的马来西亚分会与菲律宾分会成员，在冲突发生后持续攻击对方国家的网站。马来西亚网络安全部官员称政府已充分注意到有关事态，但拒绝发表更多评论。
据称，来自菲律宾的黑客1日在冲突发生数小时后首先发动了网络攻击。而马来西亚“匿名者”组织在其“脸谱”主页上发布信息，用塔加拉族语宣称该组织将发动攻击。随后，据报道菲律宾数家政府网站遭到“阻断服务式（DoS）”攻击，另有部分政府网站的外观被涂改。
菲律宾黑客对此进行报复，攻击并涂改了多家马来西亚的政府和私人网站。有黑客声称行动导致马来西亚数家政府网站崩溃，并在“脸谱”上公布了行动内容，同时呼吁更多人向马来西亚实施“阻断服务式（DoS）”攻击。
日前，一份据称来自“匿名者”总会的声明呼吁两国黑客停止相互攻击。声明称，“这种无意义的‘网络战’除了给人们造成不良的印象，我们从中什么也得不到”，“让我们帮助菲律宾人与马来西亚人团结起来，而不是寻衅滋事。”
但是，这份声明并未劝退两国黑客的攻击，截至3日下午网络攻击仍在继续。
