崔永元于11月25日13时40分在微博中写道：“农业部（中国农业农村部）食堂，腐竹都要吃非转基因的。只顾自己保命，不管百姓死活。”
此前，崔永元11月22日发微博曝光了中国农业农村部特供基地：“这个地方叫云谷山庄，也叫农业部绿化基地。在北京市密云穆家峪镇北碱厂村，离城区很远，相对也就很隐蔽。（题图）
咱就不说你们在这儿大吃大喝过多少全国各地送来的最好的特产，只想问农业部各位部长，你们在这儿吃过一次转基因食品吗？你们真不要脸！”
崔永元此前多次点名中国农业农村部，称其把转基因吹鼓上了天，但自己却吃特供。
崔永元在11月8日的微博中写道：“农业部说中国转基因安全最爱说自己是全世界管理最严，有专门的安全委员会。转基因中心造假、负责人李奎是转基因安委会成员，两件事说明农业部一直放屁！”
两天后，崔永元转发网友评论并点名中国农业农村部称，“农业部的特供基地在新疆吐鲁番，全是有机的。另有大鱼、大虾、各种新鲜土特产等，鸡蛋也是特供的。现在国家管得严，不敢了。顺便翻脸不承认以前有过。”
据悉，2014年，崔永元发布自费100万元人民币赴美考察拍摄关于转基因的纪录片，片中引用了多位美国民众、专家的意见和经历，以此来说明“转基因食品对身体有害”。
此后，崔永元在多个场合宣称转基因食品的不安全性。
提起崔永元，从央视名嘴到转基因斗士，崔永元一直是以敢做敢言，立场分明的形象出现在公众眼前。
自2013年开始，崔永元卷入转基因争论。
2013年，崔永元“自费”万余元赴美“调查”转基因食品的安全问题，在其所制作的纪录片中，崔永元称：“在美国的超市，转基因食品是有明显标记的，并且和非转基因的食物是分开排放的。并且大部分的美国消费者对转基因的危害是有认识的，且表示，如果能够不买转基因食品的话，他们会尽量避开这类食品，因为对人体的危害性目前还没有深刻的研究。”
崔永元的转基因纪录片在中国引起轩然大波，而且他的结论和大陆知名学者力挺转基因的观点大相径庭。
2013年9月，崔永元与知名科普作家方舟子就转基因食品市场化问题在互联网上展开辩论。
因为转基因，崔永元争论了太久，甚至骂战了太久。他与业内专家争辩，与方舟子辩论……直至现在他还在为转基因话题争论下去。
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