对于国际透明组织的调查报告，台湾总统府、行政院第一时间感到错愕，但随即全面展开台湾名声保卫战。总统府发言人李佳霏表示，这种"每3位洽公民众就有1人行贿"的说法，不仅与该组织过去的调查、台湾民众的实际观感，及近期台湾民调的结果，落差非常大，也误导国际视听，伤害台湾国际形象，台湾政府与人民都无法接受。
台湾质疑调查样本有问题
副总统吴敦义也驳斥调查样本有问题。他说，"有些数据是矛盾的，它说肃贪有进步，贪污有减少，所以比以前好，可是看另一个数据为什么出现矛盾?因为样本不同。"
台湾法务部强调，自马英九总统上任以来，包括贪渎案起诉人次，还有贪渎案件都已经降低。外交部发言人高安指出，外交部已透过驻德国代表处和驻英国代表处，分别向国际透明组织秘书处及引述该组织数据的英国刊物"经济学人"沟通澄清。
有无"36%"数字成罗生门
根据国际透明组织2010年的调查，台湾的行贿比率7%，今年竟然跃升到36%，瞬间暴增好几倍，国际透明组织台湾分会认为，问题可能出在总部委托大陆公司做民调，用语、文化差异等所致。
国际透明组织亚太部东亚区高级主任廖燃表示，2013年的调查是由该组织委托盖洛普国际公司（Gallup International）进行的。针对台湾部分，盖洛普国际公司则是再委托另一家位于北京的世研公司 (Cass Research Center)，透过网络向台湾民众进行访调。廖燃说，当初问卷设计是询问过去12个月里，对如营建、司法等8项政府部门、有无行贿的经历，从1000名受访样本中，确实有高达36%的比率。但报告不是有意要羞辱某个国家或政党，重点是在"提醒注意"。
网站数据显示，世研公司是挂靠在中国社会科学院（Chinese Academy of Social Sciences）新闻与传播研究所。世研公司主管无奈说，在提交在线调查结果给委托方时，并没"36%"相关数据，发布机构最后如何总结或加权计算出这项数据，世研并不知情。且当初网络问卷第一题是问及对台湾贪腐情况印象，有高达七成五受访者认为已有大幅度改善，却没受到委托单位重视，以致造成台湾方面误解。（德国之声）
